Mathieu Roy vit entre Montréal et Goma en République Démocratique du Congo. En 2020 Il lancera son nouveau documentaire intitulé Les Creuseurs, un essai sur les creuseurs artisanaux de minerais dans l’est de la RDC. Ses deux derniers documentaires : Les Dépossédés (2017) et Dépossession (2018) portent sur la crise alimentaire mondiale et les mécanismes d’appauvrissements des fermiers dans le monde.  Ils furent tous deux présentés au prestigieux festival de documentaire Visions du réel à Nyon en Suisse ainsi qu’à d’autres festivals comme à Montréal (RIDM), à Jihlava en République Tchèque, À Barcelone, à Soleure en Suisse, à Mumbai, Pune, Assam et Dharamshala en Inde.
Son long métrage documentaire Surviving Progress (2011) tourné en Chine, au Brésil et en Amérique du Nord, propose une réflexion sur les ravages de l’idéologie du progrès et sur la destinée de notre civilisation. Lancé au Toronto International Film Festival (TIFF) à l’automne 2011. Son film François Girard en Trois Actes (2005) gagne le Gémeau du meilleur documentaire culturel.
En 2006, il réalise La Peau de Léopard, un documentaire sur le conflit israélo-palestinien aux côtés du journaliste Pierre Nadeau. En 2009, en ouverture du 27e Festival international du film sur l’art (FIFA), Mathieu présente Mort à Venise : un voyage musical avec Louis Lortie.